Scala est un langage qui associe les principes de la programmation fonctionnelle à la programmation orientée objet.

Le langage Scala est conçu pour s'intégrer facilement à une machine virtuelle telle que la machine virtuelle Java. Scala peut ainsi être utilisé conjointement avec le langage Java dans le développement applicatif.

Il y a quelques mois, j'ai voulu m'initier en douceur à la programmation fonctionnelle… Je me suis donc tout naturellement arrêté sur le livre Programming in Scala qui a l'avantage d'être coécrit par le créateur du langage.

Dans ce livre les auteurs ont pour objectif de nous guider pas à pas dans la découverte du langage Scala ! Voyons ce qu'il en est réellement…

Le livre s'articule autour de 35 chapitres répartis sur 850 pages pour sa version papier et 880 pages pour sa version électronique !

La version électronique est parfaitement adaptée à la lecture sur écran. Seul bémol : de nombreuses illustrations ne sont pas en phase avec le texte !

Notez aussi que cette réédition s'appuie sur la version 2.8 du compilateur Scala.

Tout au long du livre, les auteurs nous distillent les bonnes pratiques de programmation : le livre n'est ni catalogue de l'API Scala, ni un catalogue de design patterns ! Bien au contraire, la lecture reste fluide; et, l'apprentissage du langage se fait en douceur.

L'ensemble des spécificités de Scala relatives à la programmation fonctionnelle y est décrit : l'immutabilité, les monades, les fonctions d'ordre supérieur, les closures, les fonctions partielles sont bien sûr abordées en détail… Aussi académiques que puissent être ces notions, elles sont présentées, ici, sans démonstration mathématique.

La programmation orientée objet n'est pas oubliée : les classes, les objets, l'héritage, etc. ! Pour ces notions, les auteurs nous montrent les spécificités du langage Scala en les comparant à l'implémentation Java.

Une grande partie du livre est consacrée aux collections : trop peut-être ! Mais cela a l'avantage de ramener le lecteur vers des notions plus concrètes.

Chaque chapitre peut être vu comme un tutoriel à part entière :

• les auteurs introduisent les notions qui vont être abordées ;
• le corps du tutoriel est accompagné d'un ou plusieurs exemples ;
• tous les exemples sont expliqués instruction par instruction ;
• la conclusion reprend les points essentiels à assimiler.

Bref, une architecture efficace. Et, pour ne rien gâcher, le style est agréable.

L'écriture d'un tableur graphique en 200 lignes est ce que propose Martin Odersky en guise de conclusion : le code proposé est concis tout en restant lisible ; et, nous invite à continuer l'aventure Scala. Dommage que Martin Odersky n'ait pas pris le soin de mettre à jour son code avec la version 2.8.x de Scala… La classe SimpleGUIApplication est en effet dépréciée !

Concrètement, de bout à bout, il m'a fallu deux mois de lecture :

• les exemples proposés sont nombreux, mais souvent trop académiques,
• l'organisation des chapitres est parfois déroutante : à mi-chemin, les tests unitaires sont abordés… mais pourquoi diantre, avoir positionné ce chapitre ici, alors que le lecteur n'a pas encore assimilé les bases du développement en Scala ?

Bref, il m'a manqué un fil d'Ariane entre les exemples et les chapitres. Et, à la sortie de cette lecture, certes enrichissante, je n'ai pas eu l'impression d'être très opérationnel !

Nous en sommes à la version 2.10 du langage Scala, pour autant, Programming in Scala reste une référence pour qui veut s'initier à Scala. Suite à sa lecture, le lecteur pourra trouver des ressources en ligne concernant :

• les nouvelles fonctionnalités du langage telles que les collections parallèles, les Futures/Promises ;
• l'intégration des composants tels que Akka (futur standard pour les acteurs) de TypeSafe.

Dans l'ensemble, j'ai trouvé le livre intéressant et agréable à lire, mais je ne vous conseillerais pas celui-ci si vous avez besoin d'apprendre Scala rapidement.

Préférez-lui, en première lecture, « Scala in action » ou « Scala for the Impatient » pour une acquisition rapide du b.a.-ba du langage Scala.

Notez bien : Martin Odersky dispense également la formation Functional Programming Principles in Scala ! Une formation en ligne qui est de l'avis de tous très enrichissante.

Ce livre est davantage destiné aux personnes ayant déjà une certaine expérience de Perl. Il rassemble un ensemble de modules appréciés par les auteurs.

Ce livre est davantage destiné aux personnes ayant déjà une certaine expérience de Perl. Il rassemble un ensemble de modules appréciés par les auteurs.

• test

Ce livre compile des explications sur une panoplie de modules disponibles sur le CPAN - modules s'avérant utiles et évitant de réinventer la roue. Il permet également de retrouver des explications sur des fonctions basiques de Perl (gestion des tableaux, des expressions régulières...).

Je dirais que ce livre est une FAQ ambulante, un livre de poche que l'on peu transporter partout. On peut s'en servir rapidement lorsque l'on a un trou de mémoire.

N.B. En ce qui concerne l'installation de Perl sous Windows, il ne préconise que l'installation de Strawberry Perl, or, il est bien évidemment possible de faire du Perl via ActivePerl qui fonctionne très bien !!

Bonne lecture !

Ce livre s'adresse aux personnes ne connaissant pas ou peu BLAST. Selon les auteurs, il convient également aux étudiants et chercheurs ayant déjà une expérience avec BLAST, mais souhaitant connaître des astuces supplémentaires.

Ainsi, il convient aux personnes venant d'autres domaines de la science (physiciens, matheux, informaticiens purs) qui s'intéressent aux outils existant aujourd'hui pour l'analyse des données biologiques, mais n'ont pas de connaissances en biologie.

La première partie explique rapidement ce qu'est BLAST, en donnant des exemples via le web. La 2e partie est très théorique : on y parle autant des postulats biologiques de base qui font que BLAST fonctionne ainsi (similarité des séquences est le mot-clé) que de l'algorithme qui en est à la base et on donne quelques explications de ce qu'est la programmation heuristique.

La 3e partie est de la pratique : quelle tête à une sortie de BLAST ainsi que des conseils pour le choix de paramètres pour ce programme. Il y a pas mal d'astuces ici (il s'agit du chapitre 9).

Je pense que la lecture des parties 2 et 3 est un passage obligé pour tout le monde au moins une fois, même si l'on considère bien connaître la bête. BLAST ne constitue en aucun cas un outil d'analyse biologique, mais est l'outil qui la permet : en effet, il va toujours sortir un résultat, c'est à vous de dire s'il est biologiquement pertinent. D'où l'importance de la connaissance des fondements théoriques sous-jacents.

Ensuite, la partie 4 est consacrée à l'installation et l'utilisation de BLAST en local... sur les systèmes d'exploitation disponibles en 2003 . Le chapitre 11 est pour moi assez intéressant : il décrit les différentes façons de faire une base de données indexable par BLAST (donc, parle de l'utilisation de l'utilitaire formatdb) et donne également un overview de certaines banques de données biologiques. Cela dit, le tutorial sur le site du NCBI concernant formatdb est très bien également; les connaissances des banques de données biologiques dont il est question ont également pas mal évolué. Donc, ce chapitre est à lire en tant qu'introduction, mais un replacement dans le contexte actuel est nécessaire pour éviter les biais. Le chapitre 12 est également intéressant : il donne quelques informations sur les vitesses d'exécution du programme ainsi que sur les différentes optimisations de BLAST (le code source en C est disponible sur le site du NCBI, donc ce n'est pas étonnant que ces versions aient pu être créées).

Ainsi, le passage à la partie 5 se fait tout naturellement : on donne des caractéristiques assez détaillées des deux grands BLAST : celui du NCBI et celui de l'Université de Washington (le WU-BLAST), les deux étant comparés dans le Tableau 1 du chapitre 14.

Enfin, plusieurs petits scripts en Perl ponctuent tout le livre et sont également donnés dans les Appendix. Il s'agit essentiellement de scripts astuces : si l'on ne sait pas utiliser Perl, ce n'est pas ici qu'on l'apprendra; ce n'est aucunement l'objectif du livre d'ailleurs. Il est tout de même dommage qu'il n'ait fait appel qu'à Perl : autres langages ont des ensembles de modules spécialisés pour la biologie, tels Python avec Biopython, Java avec Biojava, Ruby avec Bioruby; il me semble aussi être tombée sur un début d'équivalent en C++.

En conclusion, ce livre est un excellent début pour les débutants complets et un peu initiés, mais n'apportera que des astuces épisodiques aux utilisateurs habitués.

Bonne lecture!

Cet ouvrage est parfait pour un débutant qui souhaite s'initier à la programmation, suffisamment court tout en restant abordable et illustrer d'exemples et exercices.
Il peut également servir de mémo pour la syntaxe à tous les programmeurs qui n'utilisent Perl que de manière épisodique. Il tient dans la poche, et traite presque tous les aspects du langage... mon seul regret est qu'aucune présentation de la POO en Perl n'a été faite, mais la spécificité du langage sur ce point aurait peut-être trop allourdi le contenu.

A moins de 10€, si vous ne deviez avoir qu'un seul livre sur Perl, et si ne souhaitez pas utiliser ce langage quotidiennement, il me semble que cet ouvrage est un excellent choix

C'est un classique et ce que j'en ai vu est très alléchant pour tout programmeur Perl qui veut maitriser les techniques avancées du langage.
Un autre avantage c'est que le livre est disponible librement au téléchargementtéléchargement, en PDF ou en MOD (variante de POD).

Voilà un bon début pour les bioinformaticiens qui s'essayent à Perl! En effet, les cours sont progressifs et bien écrits! Mais le mieux, ce sont les exemples! En effet, on y parle fichiers Genbank, format FASTA, résultats de Blast! Par ces exemples concrets, l'apprentissage deviendrait presque facile! Et les codes et procédures ainsi écrites trouveront leur application très rapidement! Un bouquin explicite et concret pour les biologistes de formation, de bons exemples des problématiques de la biologie pour les informaticiens.

A recommander!

Ce livre est tout simplement génial!! C'est l'unique livre actuellement sur le marché qui explique très bien comment concevoir une interface graphique en Perl. Il en balaye tous les différents aspects.

Les explications sont simples, il y a beaucoup d'exemples de codes et on se rend compte qu'il est vraiment aisé et simple de concevoir une interface graphique en Perl.

Je le recommande à tous, il est vraiment complet. La version française de ce livre n'est plus éditée, n'hésitez donc pas à rechercher la version anglaise.

A noter qu'il existe beaucoup de modules développés par la communauté Perl permettant d'enrichir les capacités du Tk en Perl. N'hésitez pas à vous rendre régulièrement sur le site officiel du CPANmodule Tk sur le CPAN afin de trouver d'autres modules sympathiques et avoir de plus amples informations sur les widgets de bases de Tk.

C'est un mémento pour Perliste qui permet de retrouver facilement et rapidement des informations sur les bases de Perl lorsque l'on a un trou de mémoire. Il permet aussi de voir rapidement les capacités de Perl.

Ouvrage aisé à appréhender et vite lu (400 pages... bien aérées...) pour un débutant en Perl ayant déjà la maîtrise d'un autre langage de programmation. Ce livre est à considérer plus comme un outil d'immersion que comme une référence.

Les sujets traités montent en difficulté assez rapidement. Certaines parties de concepts de base pourront sembler à certain superflues et hors sujet (principes de la POO, concepts de CGI, feuilles de style)... ils auront au moins comme intérêt de rappeler des notions de base aux lecteurs qui auraient quelques lacunes.

J'ai apprécié le fait que la quasi totalité des sujets sont traités (cf table des matières ci-jointe)... Mon premier script Perl+CGI piloté via navigateur Web a vu le jour après moins de 2 heures de lecture/exercices.

Je regrette cependant

• le nombre important d'erreurs dans les exercices, faisant plus perdre de temps en débugage... ceci dit, c'est une façon comme une autre d'assimiler de la matière... mais ceci pourrait être moins pénible...
• le manque de matière sur certains sujets qui mériteraient approfondissement (comment se passe dans le détail l'installation DBI sur un environnement Linux/Unix ? Quel utilisateur exécute les programmes CGI ? Avec quelles variables d'environnement ?)
• un glossaire des plus ténus et quasi inutilisable