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Ce Guide de survie est l'outil indispensable pour programmer en Perl aujourd'hui. Il présente les dernières évolutions de Perl 5 par ses versions 5.10 et 5.12, fortement empreintes de la version 6 en cours de finalisation.

CONCIS ET MANIABLE : Facile à transporter, facile à utiliser — finis les livres encombrants !
PRATIQUE ET FONCTIONNEL : Plus de 350 séquences de code pour répondre aux situations les plus courantes et exploiter efficacement les fonctions et les bibliothèques d'un langage qui s'est radicalement modernisé.

Sequence similarity is a powerful tool for discovering biological function. Just as the ancient Greeks used comparative anatomy to understand the human body and linguists used the Rosetta stone to decipher Egyptian hieroglyphs, today we can use comparative sequence analysis to understand genomes. BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), is a sophisticated software package for rapid searching of nucleotide and protein databases. It is one of the most important software packages used in sequence analysis and bioinformatics. Most users of BLAST, however, seldom move beyond the program's default parameters, and never take advantage of its full power.

BLAST is the only book completely devoted to this popular suite of tools. It offers biologists, computational biology students, and bioinformatics professionals a clear understanding of BLAST as well as the science it supports. This book shows you how to move beyond the default parameters, get specific answers using BLAST, and how to interpret your results. The book also contains tutorial and reference sections covering NCBI-BLAST and WU-BLAST, background material to help you understand the statistics behind BLAST, Perl scripts to help you prepare your data and analyze your results, and a wealth of tips and tricks for configuring BLAST to meet your own research needs.

• BLAST basics and the NCBI web interface
• How to select appropriate search parameters
• BLAST programs: BLASTN, BLASTP, BLASTX, TBLASTN, TBLASTX, PHI-BLAST, and PSI BLAST
• Detailed BLAST references, including NCBI-BLAST and WU-BLAST
• Understanding biological sequences
• Sequence similarity, homology, scoring matrices, scores, and evolution
• Sequence Alignment
• Calculating BLAST statistics
• Industrial-strength BLAST, including developing applications with Perl and BLAST

BLAST is the only comprehensive reference with detailed, accurate information on optimizing BLAST searches for high-throughput sequence analysis. This is a book that any biologist should own.

De nombreux programmeurs codent en Perl quasi naturellement, en suivant leur instinct et en conservant les bonnes vieilles habitudes: le code tourne et c'est bon. Mais dans un cadre professionnel, cela ne marche plus.

Au travers de 256 recommandations, Damian Conway dévoile un ensemble cohérent de préconisations pour mieux programmer en Perl. Ce livre vise en effet à aider le programmeur à améliorer son code, à changer son style de programmation de manière à ce que le code soit plus robuste, plus efficace et plus maintenable. Chaque conseil est expliqué et des indications sont données sur quand et comment l'utiliser. Le raisonnement qui y conduit est présenté de manière à saisir en quoi il améliorera le code. Puis des exemples et des contre-exemples de l'application de cette recommandation montrent son efficacité.

L'auteur aborde ainsi la disposition du code, les conventions de nommage, l'interpolation des variables, des techniques efficaces pour manipuler les données clans les tableaux et hachages, les structures clé contrôle, la manière de rédiger une documentation, comment améliorer les fonctions intrinsèques (sort, reverse, scalar, split,...), les sous-programmes, les entrées/sorties, les références, les expressions régulières, la gestion des erreurs, les objets, les modules, les tests et le débogage.

Cet ensemble de règles de l'art se fonde sur l'expérience réelle de la programmation et non pas seulement sur la théorie.

• Utilisez les modules CPAN lorsque c'est possible, il est en effet inutile de réinventer la roue.
• Ecrivez d'abord les cas de test, ceci vous permettra de vérifier à tout moment que le code fonctionne comme prévu.
• Un constructeur ne doit pas clouer les objets, sinon il sera difficile de distinguer si le code client construit ou recopie un objet.
• Utilisez un système de gestion de configuration logicielle, vous garderez le contrôle de votre code source et assurerez ainsi sa pérennité.
• N'utilisez jamais de variables dans l'interface d'un module, chaque composant du module devra revérifier chaque variable d'interface qu'il utilise.
• Evitez les retours arrières inutiles, les identifications seront trop coûteuses et inutiles.

Les développeurs les moins expérimentés comme les plus aguerris trouveront dans cet ouvrage une somme de bonnes pratiques qui ne pourront que rendre leur code Perl meilleur, plus lisible et maintenable.

Les développeurs les moins expérimentés comme les plus aguerris trouveront dans cet ouvrage une somme de bonnes pratiques qui ne pourront que rendre leur code Perl meilleur, plus lisible et maintenable.

Perl : l'efficacité au bout des doigts ! Pour un petit script du quotidien comme pour une architecture complexe, vous pouvez compter sur lui pour économiser votre temps. Avec ses 8 000 bibliothèques spécialisées, c'est le couteau suisse - ou plutôt la tronçonneuse suisse - du programmeur.

• installer Perl sur votre ordinateur
• exploiter la syntaxe souple et expressive de Perl
• exprimer vos idées de plusieurs manières
• utiliser le travail d'autres programmeurs

200 exemples, 20 exercices corrigés en détail et un index de 300 entrées vous permettront de devenir très rapidement autonome.

Aucune connaissance de Perl ou de la programmation n'est requise.

Higher-Order Perl is the most exciting, most clearly-written, most comprehensive, and most forward-looking programming book I've read in at least ten years. It's your map to the future of programming in any language. Sean M. Burke, Leading Programmer, Comprehensive Perl Archive Network (CPAN)

Most Perl programmers were originally trained as C and Unix programmers, so the Perl programs that they write bear a strong resemblance to C programs. However, Perl incorporates many features that have their roots in other languages such as Lisp. These advanced features are not well understood and are rarely used by most Perl programmers, but they are very powerful. They can automate tasks in everyday programming that are difficult to solve in any other way. One of the most powerful of these techniques is writing functions that manufacture or modify other functions. For example, instead of writing ten similar functions, a programmer can write a general pattern or framework that can then create the functions as needed according to the pattern. For several years Mark Jason Dominus has worked to apply functional programming techniques to Perl. Now Mark brings these flexible programming methods that he has successfully taught in numerous tutorials and training sessions to a wider audience.

Features

• Introduces powerful programming methods-new to most Perl programmers-that were previously the domain of computer scientists
• Gradually builds up confidence by describing techniques of progressive sophistication
• Shows how to improve everyday programs and includes numerous engaging code examples to illustrate the methods

Ce livre est une introduction pratique à la programmation en Perl pour les biologistes. Perl excelle dans les fonctions indispensables à cette discipline : traitement de chaînes de caractères, mise en réseau, possibilité de piloter d'autres programmes et prototypage rapide. Cet ouvrage ne nécessite aucune connaissance préalable de la programmation. Il envisage la programmation comme un outil à part entière et désormais indispensable de la recherche en biologie.

Perl/TK est une extension de Perl grâce à laquelle l'interface utilisateur des programmes devient graphique. Avec Tk, les programmes Perl ne sont plus limités au mode texte mais créent fenêtres graphiques, boutons, zones de saisie, boîtes de liste, menus et barres de défilement. Tk libère le développeur du confinement de la ligne de commande et lui permet de construire des applications graphiques répondant à des événements, sous MS-Windows comme sous Unix.

Cet ouvrage est destiné aux novices comme aux experts. Il présente les concepts de la programmation événementielle et détaille le meilleur mode de conception d'applications à interfaces graphiques.

Il montre, étape par étape, comment implanter et configurer les éléments graphiques de Perl/Tk. Une attention particulière est portée aux gestionnaires d'espace, responsables du placement de chaque bouton, menu, étiquette et boîte de liste dans une fenêtre. Pour chacun des widgets de Perl/Tk couramment utilisés vous trouverez dans ce livre :

• une présentation générale et un exposé des utilisations courantes, avec des exemples,
• les options de configuration,
• les méthodes permettant de le manipuler ou de peaufiner son comportement,
• des exercices vous permettant de vous familiariser avec ses applications.

Bien que ce livre n'enseigne pas les bases du langage, toute personne ayant écrit même le plus simple programme Perl devrait pouvoir apprendre Tk grâce à lui. Le style d'écriture, agréable et aéré, va droit au but. Ce livre est riche en illustrations montrant l'aspect de chaque élément et l'effet des options de configuration sur sa présentation.

Il a été écrit pour tous les programmeurs Perl souhaitant implanter des interfaces graphiques simples et faciles à utiliser." Cet excellent ouvrage traite au mieux de Perl/Tk. Le paragraphe de la préface faisant référence aux 'gourous' apprenant eux aussi grâce à lui s'est avéré vrai, même pour moi ". - Nick Ing-Simmons, créateur de Perl/Tk.

Le langage Perl, conçu pour faciliter la manipulation de textes, de fichiers et de processus, permet d'effectuer grâce à un code concis et intelligible de nombreuses tâches traditionnellement assurées (non sans difficultés) par des programmes C ou par les shells. Il est disponible sur la plupart des plates-formes et, à défaut, s'obtient et s'installe aisément et gratuitement.

Révisé pour couvrir la version 5.8 du langage Perl, ce guide de référence contient un résumé des règles de syntaxe de Perl, la liste des opérateurs, des fonctions et des modules de la bibliothèque standard, tous accompagnés d'une brève description.

Premiers pas dans le monde de Perl... et quelques pas suivants pour tout programmeur souhaitant se familiariser rapidement et sans trop aller dans le détail avec ce langages utilisé tant pour la programmation Web que pour le scriptage batch multi plateformes. Principaux thèmes de la programmation abordés de manière concise, à l'aide de nombreux exemples.

Many programmers code by instinct, relying on convenient habits or a "style" they picked up early on. They aren't conscious of all the choices they make, like how they format their source, the names they use for variables, or the kinds of loops they use. They're focused entirely on problems they're solving, solutions they're creating, and algorithms they're implementing. So they write code in the way that seems natural, that happens intuitively, and that feels good.

But if you're serious about your profession, intuition isn't enough. Perl Best Practices author Damian Conway explains that rules, conventions, standards, and practices not only help programmers communicate and coordinate with one another, they also provide a reliable framework for thinking about problems, and a common language for expressing solutions. This is especially critical in Perl, because the language is designed to offer many ways to accomplish the same task, and consequently it supports many incompatible dialects.

With a good dose of Aussie humor, Dr. Conway (familiar to many in the Perl community) offers 256 guidelines on the art of coding to help you write better Perl code -- in fact, the best Perl code you possibly can. The guidelines cover code layout, naming conventions, choice of data and control structures, program decomposition, interface design and implementation, modularity, object orientation, error handling, testing, and debugging.

They're designed to work together to produce code that is clear, robust, efficient, maintainable, and concise, but Dr. Conway doesn't pretend that this is the one true universal and unequivocal set of best practices. Instead, Perl Best Practices offers coherent and widely applicable suggestions based on real-world experience of how code is actually written, rather than on someone's ivory-tower theories on how software ought to be created.

Most of all, Perl Best Practices offers guidelines that actually work, and that many developers around the world are already using. Much like Perl itself, these guidelines are about helping you to get your job done, without getting in the way.

DBI est une interface essentielle pour la programmation des bases de données avec Perl. C'est un paquetage offrant un ensemble cohérent de fonctions quelle que soit la base de données utilisée - Oracle, Sybase, Ingres, Informix, MySQL, PostgreSQL. DBI sépare les pilotes dédiés à chaque base de données (DBD) de l'API de programmation : tout programme DBI peut donc fonctionner avec n'importe quelle base de données, voire avec différentes bases simultanément.
Pour le profane, cet ouvrage décrit l'architecture de DBI et explique comment écrire des programmes qui l'utilisent. Pour l'expert, il explique les nuances de DBI et les particularités de chaque DBD.

1. comment est conçu DBI et comment il fonctionne ;
2. comment construire des requêtes et lier des paramètres ;
3. comment travailler avec les descripteurs de bases de données, de pilotes et d'instructions ;
4. comment détecter les erreurs dans vos programmes ;
5. comment utiliser tous les DBD existants.

Cet ouvrage contient également une référence complète de DBI.

Perl est langage de script utilisé pour diverses tâches en informatique : originellement utilisé pour l'extraction de données et l'écriture de rapport (Practical Extraction and Report Language), Perl est également utilisé pour l'écriture de scripts CGI, l'administration et l'interrogation de bases de données ou même pour des applications avec une interface graphique pour l'utilisateur final. Perl est aussi couramment utilisé dans l'administration système et réseau et est un langage de choix pour des branches scientifiques telles la bioinformatique. Le développeur qui souhaite ainsi s'initier à ce langage proche de C pourra ainsi se former aux 3 types primordiaux (variables scalaires, tableaux, tables de hachages), comprendre les structures de contrôles parfois originales de Perl, utiliser Perl pour lire/écrire des fichiers, utiliser les fameuses expressions régulières qui ont fait la renommée de Perl. Enfin, par ce livre, le programmeur pourra étendre les fonctionnalités de Perl par les modules notamment ceux du CPAN.

Par sa souplesse et son efficacité, Perl a définitivement conquis ses lettres de noblesse auprès des programmeurs soucieux de manipuler aisément des données hétérogènes.Perl est l'un des phares du logiciel libre, disponible gratuitement aussi bien pour systèmes Unix que pour Windows ou MacOS. Ce langage de programmation complet vient en aide à un nombre toujours croissant de webmasters, administrateurs système ou concepteurs d'interfaces qui délaissent peu à peu les scripts de shell, sed ou awk en faveur de Perl. Depuis l'introduction des modules orientés objet, il a même rallié à sa cause de nombreux adeptes de C et C++. Depuis toujours associé au Web et à CGI, et conforté dans ce rôle par l'utilisation croissante de serveurs HTTP modulaires comme Apache, Perl est également très prisé par les administrateurs système (y compris NT), qui l'emploient aussi bien pour le dépouillement de logs que le filtrage du spam, la création automatique de comptes utilisateur ou l'interfaçage avec des systèmes de gestion de bases de données. Cette troisième édition du fameux « Camel Book » est considérée comme la référence absolue sur le langage Perl. Remis à jour pour couvrir la version 5.6 du langage, cet ouvrage a été aussi complètement réorganisé et complété par une multitude d'exemples. Tous les aspects du langage y sont abordés par l'auteur de Perl lui-même, depuis les structures de données, les fonctions et les sous-programmes jusqu'aux modules et aux classes, en passant par les références, les expressions rationnelles et les formats. Chaque nouveau concept est illustré par des exemples concrets, soigneusement choisis. Programmation en Perl n'est pas seulement un livre sur Perl, c'est aussi une introduction unique à un langage et à sa culture. Si vous avez déjà quelques notions de Perl (vous avez lu, par exemple Introduction à Perl, alias le « Llama Book »), ce livre pourrait bien vous transformer en « gourou » sans que vous vous en rendiez compte.