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Dernière mise à jour : 25 août 2013  - 10 livres - 10 critiques - note globale : 4.0

  1. Programming in Scala - A Comprehensive Step-by-Step Guide
  2. Perl moderne - L'essentiel des pratiques actuelles
  3. BLAST - An Essentiel Guide to the Basic Local Alignement Search Tool
  4. De l'art de programmer en Perl - Standards et règles pour du code maintenable
  5. Perl pour l'impatient - Technique & Pratique
  6. Higher Order Perl - Transforming Programs withs Programs
  7. Introduction à Perl pour la bioinformatique
  8. Introduction à Perl/Tk
  9. Perl - précis & concis - Mémento du Perliste
  10. Perl 5
couverture du livre Programming in Scala

Note 3.5drapeau
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Sommaire
Critiques (1)
 
 

Programming in Scala

A Comprehensive Step-by-Step Guide

de Martin Odersky, Lex Spoon, et Bill Venners
Public visé : Débutants, avancés

Résumé de l'éditeur

Scala is an object-oriented programming language for the Java Virtual Machine. In addition to being object-oriented, Scala is also a functional language, and combines the best approaches to OO and functional programming.

In Italian, Scala means a stairway, or steps—indeed, Scala lets you step up to a programming environment that incorporates some of the best recent thinking in programming language design while also letting you use all your existing Java code.

Artima is very pleased to publish a new edition of the best-selling book on Scala, written by the designer of the language, Martin Odersky. Co-authored by Lex Spoon and Bill Venners, this book takes a step-by-step tutorial approach to teaching you Scala. Starting with the fundamental elements of the language, Programming in Scala introduces functional programming from the practitioner\'s perspective, and describes advanced language features that can make you a better, more productive developer.

852 pages, 2e édition, 13 décembre 2010 

Édition : Artima Inc

ISBN10 : 0981531644

ISBN13 : 9780981531649

Dimensions : 18,4 x 23,5 cm

Arima : 54,95 $ seulement

Commandez sur www.amazon.fr :

50,87 € TTC (prix éditeur 54,95 $) livraison gratuite !
  • What Readers are Saying
  • Contents
  • List of Figures
  • List of Tables
  • List of Listings
  • Foreword
  • Foreword to the First Edition
  • Acknowledgments
  • Introduction
  • 1. A Scalable Language
  • 2. First Steps in Scala
  • 3. Next Steps in Scala
  • 4. Classes and Objects
  • 5. Basic Types and Operations
  • 6. Functional Objects
  • 7. Built-in Control Structures
  • 8. Functions and Closures
  • 9. Control Abstraction
  • 10. Composition and Inheritance
  • 11. Scala's Hierarchy
  • 12. Traits
  • 13. Packages and Imports
  • 14. Assertions and Unit Testing
  • 15. Case Classes and Pattern Matching
  • 16. Working with Lists
  • 17. Collections
  • 18. Stateful Objects
  • 19. Type Parameterization
  • 20. Abstract Members
  • 21. Implicit Conversions and Parameters
  • 22. Implementing Lists
  • 23. For Expressions Revisited
  • 24. The Scala Collections API
  • 25. The Architecture of Scala Collections
  • 26. Extractors
  • 27. Annotations
  • 28. Working with XML
  • 29. Modular Programming Using Objects
  • 30. Object Equality
  • 31. Combining Scala and Java
  • 32. Actors and Concurrency
  • 33. Combinator Parsing
  • 34. GUI Programming
  • 35. The SCells Spreadsheet
  • A. Scala scripts on Unix and Windows
  • Glossary
  • Bibliography
  • About the Authors
  • Index

 
Critique du livre par la rédaction Philippe Bastiani le 24 août 2013 

Scala est un langage qui associe les principes de la programmation fonctionnelle à la programmation orientée objet.


Le langage Scala est conçu pour s'intégrer facilement à une machine virtuelle telle que la machine virtuelle Java. Scala peut ainsi être utilisé conjointement avec le langage Java dans le développement applicatif.


Il y a quelques mois, j'ai voulu m'initier en douceur à la programmation fonctionnelle… Je me suis donc tout naturellement arrêté sur le livre Programming in Scala qui a l'avantage d'être coécrit par le créateur du langage.


Dans ce livre les auteurs ont pour objectif de nous guider pas à pas dans la découverte du langage Scala ! Voyons ce qu'il en est réellement…


Le livre s'articule autour de 35 chapitres répartis sur 850 pages pour sa version papier et 880 pages pour sa version électronique !

La version électronique est parfaitement adaptée à la lecture sur écran. Seul bémol : de nombreuses illustrations ne sont pas en phase avec le texte !

Notez aussi que cette réédition s'appuie sur la version 2.8 du compilateur Scala.


Tout au long du livre, les auteurs nous distillent les bonnes pratiques de programmation : le livre n'est ni catalogue de l'API Scala, ni un catalogue de design patterns ! Bien au contraire, la lecture reste fluide; et, l'apprentissage du langage se fait en douceur.

L'ensemble des spécificités de Scala relatives à la programmation fonctionnelle y est décrit : l'immutabilité, les monades, les fonctions d'ordre supérieur, les closures, les fonctions partielles sont bien sûr abordées en détail… Aussi académiques que puissent être ces notions, elles sont présentées, ici, sans démonstration mathématique.

La programmation orientée objet n'est pas oubliée : les classes, les objets, l'héritage, etc. ! Pour ces notions, les auteurs nous montrent les spécificités du langage Scala en les comparant à l'implémentation Java.

Une grande partie du livre est consacrée aux collections : trop peut-être ! Mais cela a l'avantage de ramener le lecteur vers des notions plus concrètes.


Chaque chapitre peut être vu comme un tutoriel à part entière :

  • les auteurs introduisent les notions qui vont être abordées ;
  • le corps du tutoriel est accompagné d'un ou plusieurs exemples ;
  • tous les exemples sont expliqués instruction par instruction ;
  • la conclusion reprend les points essentiels à assimiler.

Bref, une architecture efficace. Et, pour ne rien gâcher, le style est agréable.


L'écriture d'un tableur graphique en 200 lignes est ce que propose Martin Odersky en guise de conclusion : le code proposé est concis tout en restant lisible ; et, nous invite à continuer l'aventure Scala. Dommage que Martin Odersky n'ait pas pris le soin de mettre à jour son code avec la version 2.8.x de Scala… La classe SimpleGUIApplication est en effet dépréciée !


Concrètement, de bout à bout, il m'a fallu deux mois de lecture :

  • les exemples proposés sont nombreux, mais souvent trop académiques,
  • l'organisation des chapitres est parfois déroutante : à mi-chemin, les tests unitaires sont abordés… mais pourquoi diantre, avoir positionné ce chapitre ici, alors que le lecteur n'a pas encore assimilé les bases du développement en Scala ?

Bref, il m'a manqué un fil d'Ariane entre les exemples et les chapitres. Et, à la sortie de cette lecture, certes enrichissante, je n'ai pas eu l'impression d'être très opérationnel !


Nous en sommes à la version 2.10 du langage Scala, pour autant, Programming in Scala reste une référence pour qui veut s'initier à Scala. Suite à sa lecture, le lecteur pourra trouver des ressources en ligne concernant :

  • les nouvelles fonctionnalités du langage telles que les collections parallèles, les Futures/Promises ;
  • l'intégration des composants tels que Akka (futur standard pour les acteurs) de TypeSafe.

Dans l'ensemble, j'ai trouvé le livre intéressant et agréable à lire, mais je ne vous conseillerais pas celui-ci si vous avez besoin d'apprendre Scala rapidement.

Préférez-lui, en première lecture, « Scala in action » ou « Scala for the Impatient » pour une acquisition rapide du b.a.-ba du langage Scala.


Notez bien : Martin Odersky dispense également la formation Functional Programming Principles in Scala ! Une formation en ligne qui est de l'avis de tous très enrichissante.

 
couverture du livre Perl moderne

Note 4.0drapeaucdrom
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Critiques (2)
 
 

Perl moderne

L'essentiel des pratiques actuelles

de Sébastien Aperghis-Tramoni, Philippe Bruhat, Damien Krotkine, Jérôme Quelin
Traducteur(s) : Tonton traducteur
Public visé : Intermédiaire, Avancé
Introduction : Meilleur livre...

Résumé de l'éditeur

Ce Guide de survie est l'outil indispensable pour programmer en Perl aujourd'hui. Il présente les dernières évolutions de Perl 5 par ses versions 5.10 et 5.12, fortement empreintes de la version 6 en cours de finalisation.

CONCIS ET MANIABLE : Facile à transporter, facile à utiliser — finis les livres encombrants !
PRATIQUE ET FONCTIONNEL : Plus de 350 séquences de code pour répondre aux situations les plus courantes et exploiter efficacement les fonctions et les bibliothèques d'un langage qui s'est radicalement modernisé.

Autre paragraphe

464 pages, 1re édition, 29 octobre 2010 

Édition : Pearson

ISBN10 : 2744024198

ISBN13 : 9782744024191

Format : 11,5 x 18,5 cm

Pearson : 20 € TTC seulement seulement (au lieu de 999,90 € TTC : prix public) - livraison gratuite !
PRIX trop élevé :-)

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20,90 € TTC (prix éditeur 200.90 € TTC) livraison gratuite !

Titre de mon sommaire

  1. Introduction
    • Démarrer avec Perl
    • Installer un module Perl
  2. Langage et structures de données
    1. Éléments du langage
    2. Structures de données
    3. Expressions régulières
  3. Objet moderne
    1. Concepts objet et Perl
    2. Moose
    3. Le typage dans Moose
    4. Moose et les méthodes
  4. Manipulation de données
    1. Fichiers et répertoires
    2. Bases de données SQL
    3. Abstraction du SQL, ORM et bases non-SQL
    4. Dates et heures

 
Critique du livre par la rédaction stoyak le 1er décembre 2010 

Ce livre est davantage destiné aux personnes ayant déjà une certaine expérience de Perl. Il rassemble un ensemble de modules appréciés par les auteurs.

Ce livre est davantage destiné aux personnes ayant déjà une certaine expérience de Perl. Il rassemble un ensemble de modules appréciés par les auteurs.

  • test
Critique du livre par la rédaction djibril le 1er mars 2011 et mise à jour le 4 juillet 2012 

Ce livre compile des explications sur une panoplie de modules disponibles sur le CPAN - modules s'avérant utiles et évitant de réinventer la roue. Il permet également de retrouver des explications sur des fonctions basiques de Perl (gestion des tableaux, des expressions régulières...).

Je dirais que ce livre est une FAQ ambulante, un livre de poche que l'on peu transporter partout. On peut s'en servir rapidement lorsque l'on a un trou de mémoire.

N.B. En ce qui concerne l'installation de Perl sous Windows, il ne préconise que l'installation de Strawberry Perl, or, il est bien évidemment possible de faire du Perl via ActivePerl qui fonctionne très bien !!

Bonne lecture !

 
couverture du livre BLAST

Note 4.5drapeau
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Critiques (1)
 
 

BLAST

An Essentiel Guide to the Basic Local Alignement Search Tool

de Ian Korf, Mark Yandell, Joseph Bedell
Public visé : Avancé, Débutant, Expert, Intermédiaire

Résumé de l'éditeur

Sequence similarity is a powerful tool for discovering biological function. Just as the ancient Greeks used comparative anatomy to understand the human body and linguists used the Rosetta stone to decipher Egyptian hieroglyphs, today we can use comparative sequence analysis to understand genomes. BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), is a sophisticated software package for rapid searching of nucleotide and protein databases. It is one of the most important software packages used in sequence analysis and bioinformatics. Most users of BLAST, however, seldom move beyond the program's default parameters, and never take advantage of its full power.

BLAST is the only book completely devoted to this popular suite of tools. It offers biologists, computational biology students, and bioinformatics professionals a clear understanding of BLAST as well as the science it supports. This book shows you how to move beyond the default parameters, get specific answers using BLAST, and how to interpret your results. The book also contains tutorial and reference sections covering NCBI-BLAST and WU-BLAST, background material to help you understand the statistics behind BLAST, Perl scripts to help you prepare your data and analyze your results, and a wealth of tips and tricks for configuring BLAST to meet your own research needs.

Some of the topics covered include:
  • BLAST basics and the NCBI web interface
  • How to select appropriate search parameters
  • BLAST programs: BLASTN, BLASTP, BLASTX, TBLASTN, TBLASTX, PHI-BLAST, and PSI BLAST
  • Detailed BLAST references, including NCBI-BLAST and WU-BLAST
  • Understanding biological sequences
  • Sequence similarity, homology, scoring matrices, scores, and evolution
  • Sequence Alignment
  • Calculating BLAST statistics
  • Industrial-strength BLAST, including developing applications with Perl and BLAST

BLAST is the only comprehensive reference with detailed, accurate information on optimizing BLAST searches for high-throughput sequence analysis. This is a book that any biologist should own.

339 pages, 1re édition, 1er septembre 2003 

Édition : O'Reilly

ISBN10 : 0596002998

ISBN13 : 9780596002992

Format : 17,7 x 23,3, Couverture : Broché, Poids : 590 g

eyrolles : 44,90 € TTC seulement seulement (au lieu de 16,19 € TTC : prix public) - livraison gratuite !

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16,19 € TTC (prix éditeur 44,90 € TTC) livraison gratuite !
Critique du livre par la rédaction MaliciaR le 1er juin 2009 

Ce livre s'adresse aux personnes ne connaissant pas ou peu BLAST. Selon les auteurs, il convient également aux étudiants et chercheurs ayant déjà une expérience avec BLAST, mais souhaitant connaître des astuces supplémentaires.

Ainsi, il convient aux personnes venant d'autres domaines de la science (physiciens, matheux, informaticiens purs) qui s'intéressent aux outils existant aujourd'hui pour l'analyse des données biologiques, mais n'ont pas de connaissances en biologie.

La première partie explique rapidement ce qu'est BLAST, en donnant des exemples via le web. La 2e partie est très théorique : on y parle autant des postulats biologiques de base qui font que BLAST fonctionne ainsi (similarité des séquences est le mot-clé) que de l'algorithme qui en est à la base et on donne quelques explications de ce qu'est la programmation heuristique.

La 3e partie est de la pratique : quelle tête à une sortie de BLAST ainsi que des conseils pour le choix de paramètres pour ce programme. Il y a pas mal d'astuces ici (il s'agit du chapitre 9).

Je pense que la lecture des parties 2 et 3 est un passage obligé pour tout le monde au moins une fois, même si l'on considère bien connaître la bête. BLAST ne constitue en aucun cas un outil d'analyse biologique, mais est l'outil qui la permet : en effet, il va toujours sortir un résultat, c'est à vous de dire s'il est biologiquement pertinent. D'où l'importance de la connaissance des fondements théoriques sous-jacents.

Ensuite, la partie 4 est consacrée à l'installation et l'utilisation de BLAST en local... sur les systèmes d'exploitation disponibles en 2003 . Le chapitre 11 est pour moi assez intéressant : il décrit les différentes façons de faire une base de données indexable par BLAST (donc, parle de l'utilisation de l'utilitaire formatdb) et donne également un overview de certaines banques de données biologiques. Cela dit, le tutorial sur le site du NCBI concernant formatdb est très bien également; les connaissances des banques de données biologiques dont il est question ont également pas mal évolué. Donc, ce chapitre est à lire en tant qu'introduction, mais un replacement dans le contexte actuel est nécessaire pour éviter les biais. Le chapitre 12 est également intéressant : il donne quelques informations sur les vitesses d'exécution du programme ainsi que sur les différentes optimisations de BLAST (le code source en C est disponible sur le site du NCBI, donc ce n'est pas étonnant que ces versions aient pu être créées).

Ainsi, le passage à la partie 5 se fait tout naturellement : on donne des caractéristiques assez détaillées des deux grands BLAST : celui du NCBI et celui de l'Université de Washington (le WU-BLAST), les deux étant comparés dans le Tableau 1 du chapitre 14.

Enfin, plusieurs petits scripts en Perl ponctuent tout le livre et sont également donnés dans les Appendix. Il s'agit essentiellement de scripts astuces : si l'on ne sait pas utiliser Perl, ce n'est pas ici qu'on l'apprendra; ce n'est aucunement l'objectif du livre d'ailleurs. Il est tout de même dommage qu'il n'ait fait appel qu'à Perl : autres langages ont des ensembles de modules spécialisés pour la biologie, tels Python avec Biopython, Java avec Biojava, Ruby avec Bioruby; il me semble aussi être tombée sur un début d'équivalent en C++.

En conclusion, ce livre est un excellent début pour les débutants complets et un peu initiés, mais n'apportera que des astuces épisodiques aux utilisateurs habitués.

Bonne lecture!

 
couverture du livre De l'art de programmer en Perldrapeau
Détails du livre
 
 

De l'art de programmer en Perl

Standards et règles pour du code maintenable

de Damian Conway
Traducteur(s) : Philippe Bruhat, Jérôme Fenal et Jean Forget
Public visé : Avancé, Débutant, Expert, Intermédiaire

Résumé de l'éditeur

De nombreux programmeurs codent en Perl quasi naturellement, en suivant leur instinct et en conservant les bonnes vieilles habitudes: le code tourne et c'est bon. Mais dans un cadre professionnel, cela ne marche plus.

Au travers de 256 recommandations, Damian Conway dévoile un ensemble cohérent de préconisations pour mieux programmer en Perl. Ce livre vise en effet à aider le programmeur à améliorer son code, à changer son style de programmation de manière à ce que le code soit plus robuste, plus efficace et plus maintenable. Chaque conseil est expliqué et des indications sont données sur quand et comment l'utiliser. Le raisonnement qui y conduit est présenté de manière à saisir en quoi il améliorera le code. Puis des exemples et des contre-exemples de l'application de cette recommandation montrent son efficacité.

L'auteur aborde ainsi la disposition du code, les conventions de nommage, l'interpolation des variables, des techniques efficaces pour manipuler les données clans les tableaux et hachages, les structures clé contrôle, la manière de rédiger une documentation, comment améliorer les fonctions intrinsèques (sort, reverse, scalar, split,...), les sous-programmes, les entrées/sorties, les références, les expressions régulières, la gestion des erreurs, les objets, les modules, les tests et le débogage.

Cet ensemble de règles de l'art se fonde sur l'expérience réelle de la programmation et non pas seulement sur la théorie.

Vous y trouverez par exemple :
  • Utilisez les modules CPAN lorsque c'est possible, il est en effet inutile de réinventer la roue.
  • Ecrivez d'abord les cas de test, ceci vous permettra de vérifier à tout moment que le code fonctionne comme prévu.
  • Un constructeur ne doit pas clouer les objets, sinon il sera difficile de distinguer si le code client construit ou recopie un objet.
  • Utilisez un système de gestion de configuration logicielle, vous garderez le contrôle de votre code source et assurerez ainsi sa pérennité.
  • N'utilisez jamais de variables dans l'interface d'un module, chaque composant du module devra revérifier chaque variable d'interface qu'il utilise.
  • Evitez les retours arrières inutiles, les identifications seront trop coûteuses et inutiles.

Les développeurs les moins expérimentés comme les plus aguerris trouveront dans cet ouvrage une somme de bonnes pratiques qui ne pourront que rendre leur code Perl meilleur, plus lisible et maintenable.

Les développeurs les moins expérimentés comme les plus aguerris trouveront dans cet ouvrage une somme de bonnes pratiques qui ne pourront que rendre leur code Perl meilleur, plus lisible et maintenable.

550 pages, 1re édition, 23 mars 2006 

Édition : O'Reilly

ISBN10 : 2841773698

ISBN13 : 9782841773695

Format : 17,5 x 24, Couverture : Broché, Poids : 857g

eyrolles : 40,85 € TTC seulement seulement (au lieu de 43,00 € TTC : prix public) - livraison gratuite !

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couverture du livre Perl pour l'impatient

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Perl pour l'impatient

Technique & Pratique

de Sébastien Desreux, Stéphane Tougard
Public visé : débutant

Résumé de l'éditeur

Perl : l'efficacité au bout des doigts ! Pour un petit script du quotidien comme pour une architecture complexe, vous pouvez compter sur lui pour économiser votre temps. Avec ses 8 000 bibliothèques spécialisées, c'est le couteau suisse - ou plutôt la tronçonneuse suisse - du programmeur.

Cet ouvrage très progressif vous apprendra comment :
  • installer Perl sur votre ordinateur
  • exploiter la syntaxe souple et expressive de Perl
  • exprimer vos idées de plusieurs manières
  • utiliser le travail d'autres programmeurs

200 exemples, 20 exercices corrigés en détail et un index de 300 entrées vous permettront de devenir très rapidement autonome.

Aucune connaissance de Perl ou de la programmation n'est requise.

128 pages, 2e édition, 15 août 2005 

Édition : H et K Editions

ISBN10 : 2914010729

ISBN13 : 9782914010726

Format Broché: 12 x 17, poids 118 g, Intérieur : Noir et Blanc

eyrolles : 9,30 € TTC seulement seulement (au lieu de 9,80 € TTC : prix public) - livraison gratuite !

Commandez sur www.amazon.fr :

9,80 € TTC (prix éditeur 9,80 € TTC) livraison gratuite !
  • Avant-propos
  • Pourquoi choisir Perl ?
  • Installation et premier script
  • Les briques du langage
  • Boucles et conditions
  • Lire et écrire des fichiers
  • Les expressions régulières
  • Créer des sous-programmes
  • Débuguer un programme
  • Les modules
  • Annexes
    • A : usages avancés
    • B : réponses à tous les exercices
  • Index

 
Critique du livre par la rédaction Nicolas Vallée (gorgonite) le 1er février 2009 

Cet ouvrage est parfait pour un débutant qui souhaite s'initier à la programmation, suffisamment court tout en restant abordable et illustrer d'exemples et exercices.
Il peut également servir de mémo pour la syntaxe à tous les programmeurs qui n'utilisent Perl que de manière épisodique. Il tient dans la poche, et traite presque tous les aspects du langage... mon seul regret est qu'aucune présentation de la POO en Perl n'a été faite, mais la spécificité du langage sur ce point aurait peut-être trop allourdi le contenu.

A moins de 10€, si vous ne deviez avoir qu'un seul livre sur Perl, et si ne souhaitez pas utiliser ce langage quotidiennement, il me semble que cet ouvrage est un excellent choix

 
couverture du livre Higher Order Perl

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Higher Order Perl

Transforming Programs withs Programs

de Mark Jason Dominus
Public visé : Avancé

Résumé de l'éditeur

Higher-Order Perl is the most exciting, most clearly-written, most comprehensive, and most forward-looking programming book I've read in at least ten years. It's your map to the future of programming in any language. Sean M. Burke, Leading Programmer, Comprehensive Perl Archive Network (CPAN)

Most Perl programmers were originally trained as C and Unix programmers, so the Perl programs that they write bear a strong resemblance to C programs. However, Perl incorporates many features that have their roots in other languages such as Lisp. These advanced features are not well understood and are rarely used by most Perl programmers, but they are very powerful. They can automate tasks in everyday programming that are difficult to solve in any other way. One of the most powerful of these techniques is writing functions that manufacture or modify other functions. For example, instead of writing ten similar functions, a programmer can write a general pattern or framework that can then create the functions as needed according to the pattern. For several years Mark Jason Dominus has worked to apply functional programming techniques to Perl. Now Mark brings these flexible programming methods that he has successfully taught in numerous tutorials and training sessions to a wider audience.

Features

  • Introduces powerful programming methods-new to most Perl programmers-that were previously the domain of computer scientists
  • Gradually builds up confidence by describing techniques of progressive sophistication
  • Shows how to improve everyday programs and includes numerous engaging code examples to illustrate the methods
582 pages, 1re édition, 13 avril 2005 

Édition : O'Reilly

ISBN10 : 1558607013

ISBN13 : 9781558607019

Format Broché: 19 x 23,5, poids 1209 g, Intérieur : Noir et Blanc

eyrolles : 57,90 € TTC seulement - livraison gratuite !

Commandez sur www.amazon.fr :

0 € TTC (prix éditeur 0 € TTC) livraison gratuite ! (voir conditions)
  • Preface
  • Recursion and Callbacks
  • Caching and Memorization
  • Iterators
  • From Recursion to Iterators
  • Infinite Streams
  • Higher-Order Functions and Currying
  • Parsing
  • Declarative Programming
  • Index
  • Function Index

 
Critique du livre par la rédaction jedai le 1er décembre 2008 

C'est un classique et ce que j'en ai vu est très alléchant pour tout programmeur Perl qui veut maitriser les techniques avancées du langage.
Un autre avantage c'est que le livre est disponible librement au téléchargementtéléchargement, en PDF ou en MOD (variante de POD).

 
couverture du livre Introduction à Perl pour la bioinformatique

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Introduction à Perl pour la bioinformatique

de James Tisdall
Traducteur(s) : Laurent Mouchard et Guénola Ricard
Public visé : Débutant à expert

Résumé de l'éditeur

Ce livre est une introduction pratique à la programmation en Perl pour les biologistes. Perl excelle dans les fonctions indispensables à cette discipline : traitement de chaînes de caractères, mise en réseau, possibilité de piloter d'autres programmes et prototypage rapide. Cet ouvrage ne nécessite aucune connaissance préalable de la programmation. Il envisage la programmation comme un outil à part entière et désormais indispensable de la recherche en biologie.

382 pages, 1re édition, 10 juillet 2002 

Édition : O'Reilly

ISBN10 : 2841772063

ISBN13 : 9782841772063

Format Broché: 18 cm x 24 cm, poids 696 g, Intérieur : Noir et Blanc

eyrolles : 38,00 € TTC seulement seulement (au lieu de 40,00 € TTC : prix public) - livraison gratuite !

Commandez sur www.amazon.fr :

0 € TTC (prix éditeur 0 € TTC) livraison gratuite ! (voir conditions)
  • Préface
  • 1. Biologie et informatique
    • Organisation de l'ADN
    • Organisation des protéines
    • In Silico
    • Limites du calcul
  • 2. Premiers pas en Perl
    • Une courbe d'apprentissage basse et longue
    • Avantages de Perl
    • Installation de Perl sur votre ordinateur
    • Comment exécuter des programmes ?
    • Éditeurs de texte
    • Obtenir de l'aide
  • 3. L'art de la programmation
    • Différentes approches pour la programmation
    • Édition-exécution-modification (et sauvegarde)
    • Sauvegardes
    • Messages d'erreur
    • Débogage
    • Un vivier de programmes
    • Les programmes libres (open source)
    • Stratégies de programmation
    • Le processus de la programmation
  • 4. Séquences et chaînes de caractères
    • Représentation de données de séquences
    • Un programme pour stocker une séquence d'ADN
    • Concaténation de fragments d'ADN
    • Transcription : ADN en ARN
    • Utilisation de la documentation Perl
    • Calcul du complément inverse d'un brin d'ADN en Perl
    • Protéines, fichiers et tableaux
    • Contexte scalaire et contexte de liste
    • Exercices
  • 5. Motifs et boucles
    • Contrôle du flux du programme
    • Format du code
    • Recherche de motifs
    • Comptage des nucléotides
    • Séparation d'une chaîne de caractères en un tableau
    • Manipulation de chaînes de caractères
    • Écriture dans des fichiers
    • Exercices
  • 6. Sous-programmes et débogage
    • Sous-programmes
    • Portée et sous-programmes
    • Arguments de la ligne de commande et tableaux
    • Transmission de données aux sous-programmes
    • Modules et bibliothèques de sous-programmes
    • Correction des bogues
    • Exercices
  • 7. Mutations et nombres aléatoires
    • Générateurs de nombres aléatoires
    • Un programme qui utilise les nombres aléatoires
    • Un programme pour simuler les mutations dans les séquences d'ADN
    • Générer une séquence d'ADN aléatoire
    • Analyse d'une séquence d'ADN
    • Exercices
  • 8. Le code génétique
    • Hachages
    • Structures de données et algorithmes pour la biologie
    • Le code génétique
    • Traduire de l'ADN en protéines
    • Lire des séquences d'ADN contenues dans des fichiers au format FASTA
    • Cadres de lecture
    • Exercices
  • 9. Cartes de restriction et expressions régulières
    • Les expressions régulières
    • Opérations Perl
    • Exercices
  • 10. GenBank
    • Les fichiers GenBank
    • Séparer la séquence des annotations
    • Filtrer les annotations
    • Indexer GenBank avec DBM
    • Exercices
  • 11. Protein Data Bank
    • Vue d'ensemble de la PDB
    • Fichiers et répertoires
    • Fichiers de la PDB
    • Filtrer les fichiers de la PDB
    • Contrôler d'autres programmes
    • Exercices
  • 12. BLAST
    • Obtenir BLAST
    • Recherche de motifs et homologie
    • Les fichiers de sortie de BLAST
    • Filtrer les sorties BLAST
    • Présenter les données
    • Bioperl
    • Exercices
  • 13. Aspects avancés du langage Perl
    • Quelques pistes pour aller plus loin
  • Annexe A : Ressources
  • Annexe B : Résumé Perl
  • Index

 
Critique du livre par la rédaction stoyak le 1er décembre 2008 

Voilà un bon début pour les bioinformaticiens qui s'essayent à Perl! En effet, les cours sont progressifs et bien écrits! Mais le mieux, ce sont les exemples! En effet, on y parle fichiers Genbank, format FASTA, résultats de Blast! Par ces exemples concrets, l'apprentissage deviendrait presque facile! Et les codes et procédures ainsi écrites trouveront leur application très rapidement! Un bouquin explicite et concret pour les biologistes de formation, de bons exemples des problématiques de la biologie pour les informaticiens.

A recommander!

 
couverture du livre Introduction à Perl/Tk

Note 5.0drapeau
Détails du livre
Sommaire
Critiques (1)
 
 

Introduction à Perl/Tk

de Nancy Walsh
Traducteur(s) : Eric Jacoboni
Public visé : Débutant à expert

Résumé de l'éditeur

Perl/TK est une extension de Perl grâce à laquelle l'interface utilisateur des programmes devient graphique. Avec Tk, les programmes Perl ne sont plus limités au mode texte mais créent fenêtres graphiques, boutons, zones de saisie, boîtes de liste, menus et barres de défilement. Tk libère le développeur du confinement de la ligne de commande et lui permet de construire des applications graphiques répondant à des événements, sous MS-Windows comme sous Unix.

Cet ouvrage est destiné aux novices comme aux experts. Il présente les concepts de la programmation événementielle et détaille le meilleur mode de conception d'applications à interfaces graphiques.

Il montre, étape par étape, comment implanter et configurer les éléments graphiques de Perl/Tk. Une attention particulière est portée aux gestionnaires d'espace, responsables du placement de chaque bouton, menu, étiquette et boîte de liste dans une fenêtre. Pour chacun des widgets de Perl/Tk couramment utilisés vous trouverez dans ce livre :

  • une présentation générale et un exposé des utilisations courantes, avec des exemples,
  • les options de configuration,
  • les méthodes permettant de le manipuler ou de peaufiner son comportement,
  • des exercices vous permettant de vous familiariser avec ses applications.

Bien que ce livre n'enseigne pas les bases du langage, toute personne ayant écrit même le plus simple programme Perl devrait pouvoir apprendre Tk grâce à lui. Le style d'écriture, agréable et aéré, va droit au but. Ce livre est riche en illustrations montrant l'aspect de chaque élément et l'effet des options de configuration sur sa présentation.

Il a été écrit pour tous les programmeurs Perl souhaitant implanter des interfaces graphiques simples et faciles à utiliser." Cet excellent ouvrage traite au mieux de Perl/Tk. Le paragraphe de la préface faisant référence aux 'gourous' apprenant eux aussi grâce à lui s'est avéré vrai, même pour moi ". - Nick Ing-Simmons, créateur de Perl/Tk.

416 pages, 1re édition, 15 janvier 2000 

Édition : O'Reilly

ISBN10 : 2841770818

ISBN13 : 9782841770816

Format Broché: 17,5 cm x 24 cm, poids 720 g, Intérieur : Noir et Blanc

eyrolles : 32,30 € TTC seulement seulement (au lieu de 34,00 € TTC : prix public) - livraison gratuite !

  • Introduction à Perl/Tk.
  • Gestion de l'espace.
  • Le bouton de base.
  • Cases à cocher et boutons radio.
  • Les widgets étiquette et de saisie.
  • Barres de défilement.
  • Le widget boîte de liste.
  • Le widget texte.
  • Le widget canevas.
  • Le widget barre de progression.
  • Menus.
  • Cadres.
  • Widgets de premier niveau.
  • Liaisons d'événements.
  • Widgets composites.
  • Méthodes communes à tous les widgets.

 
Critique du livre par la rédaction djibril le 1er décembre 2008 

Ce livre est tout simplement génial!! C'est l'unique livre actuellement sur le marché qui explique très bien comment concevoir une interface graphique en Perl. Il en balaye tous les différents aspects.

Les explications sont simples, il y a beaucoup d'exemples de codes et on se rend compte qu'il est vraiment aisé et simple de concevoir une interface graphique en Perl.

Je le recommande à tous, il est vraiment complet. La version française de ce livre n'est plus éditée, n'hésitez donc pas à rechercher la version anglaise.

A noter qu'il existe beaucoup de modules développés par la communauté Perl permettant d'enrichir les capacités du Tk en Perl. N'hésitez pas à vous rendre régulièrement sur le site officiel du CPANmodule Tk sur le CPAN afin de trouver d'autres modules sympathiques et avoir de plus amples informations sur les widgets de bases de Tk.

 
couverture du livre Perl - précis & concis

Note 4.0drapeau
Détails du livre
Sommaire
Critiques (1)
 
 

Perl - précis & concis

Mémento du Perliste

de Johan Vromans
Traducteur(s) : Stéphane Payrard
Public visé : Intermédiaire, Expert

Résumé de l'éditeur

Le langage Perl, conçu pour faciliter la manipulation de textes, de fichiers et de processus, permet d'effectuer grâce à un code concis et intelligible de nombreuses tâches traditionnellement assurées (non sans difficultés) par des programmes C ou par les shells. Il est disponible sur la plupart des plates-formes et, à défaut, s'obtient et s'installe aisément et gratuitement.

Révisé pour couvrir la version 5.8 du langage Perl, ce guide de référence contient un résumé des règles de syntaxe de Perl, la liste des opérateurs, des fonctions et des modules de la bibliothèque standard, tous accompagnés d'une brève description.

94 pages, 4e édition, 22 mai 2003 

Édition : O'Reilly

ISBN10 : 2841772535

ISBN13 : 9782841772537

Format Broché: 11 cm x 18 cm x 1 cm, poids 100 g, Intérieur : Noir et Blanc

eyrolles : 8,55 £ seulement seulement (au lieu de 9,00 £ : prix public) - livraison gratuite !
Informations supplémentaires

Commandez sur www.amazon.fr :

0 € TTC (prix éditeur 0 € TTC) livraison gratuite ! (voir conditions)
  • Options de la ligne de commande
  • Syntaxe
  • Documentation incorporée
  • Types de données
  • Citation et interpolation
  • Valeurs littérales
  • Variables
  • Contexte
  • Opérateurs et précédence
  • Instructions
  • Sous-programmes
  • Paquetages et modules
  • Modules pragmatiques
  • Programmation orientée objet
  • Classes spéciales
  • Fonctions arithmétiques
  • Fonctions de conversion
  • Conversion
  • Fonctions
  • Fonctions de tableau et de hachage
  • Expressions régulières
  • Fonctions de recherche et de remplacement
  • Opérateurs de test de fichier
  • Opérations sur les fichiers
  • Entrées/Sorties
  • Affichage formaté
  • Formats
  • Liaisons de variables
  • Fonctions de lecture de répertoires
  • Interaction avec le système
  • Fonctionnement en réseau
  • IPC System V
  • Divers
  • Informations provenant de la base de données système
  • Variables spéciales
  • Tableaux spéciaux
  • Hachages spéciaux
  • Variables d'environment
  • Gestion de threads multiples
  • Compiler
  • Le débogueur Perl
  • Annexe A : Modules standard
  • Annexe B : Liens sur Perl
  • Index

 
Critique du livre par la rédaction djibril le 1er décembre 2008 

C'est un mémento pour Perliste qui permet de retrouver facilement et rapidement des informations sur les bases de Perl lorsque l'on a un trou de mémoire. Il permet aussi de voir rapidement les capacités de Perl.

 
couverture du livre Perl 5

Note 4.0drapeau
Détails du livre
Sommaire
Critiques (1)
 
 

Perl 5

de Cyril Vincent
Public visé : Débutant

Résumé de l'éditeur

Premiers pas dans le monde de Perl... et quelques pas suivants pour tout programmeur souhaitant se familiariser rapidement et sans trop aller dans le détail avec ce langages utilisé tant pour la programmation Web que pour le scriptage batch multi plateformes. Principaux thèmes de la programmation abordés de manière concise, à l'aide de nombreux exemples.

312 pages, 1re édition, 1er septembre 2002 

Édition : ENI

ISBN10 : 2746018055

ISBN13 : 9782746018051

ENI : 25.78 € TTC seulement seulement (au lieu de 27.14 € TTC : prix public) - livraison gratuite !

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25.78 € TTC seulement (au lieu de 27.14  € TTC : prix éditeur) livraison gratuite !
  • Introduction
    • Historique
    • Principes de Perl
  • Structure du langage
    • Définition des règles syntaxiques
    • Exécution des scripts Perl
    • Opérateurs
    • Type de données simples
    • Structures de contrôle
    • Structures complexes
    • Fonctions
    • Expressions régulières
  • Manipulation des fichiers
    • Entrées-sorties standards
    • Manipuler des fichiers texte
    • Manipuler des répertoires
    • Manipuler des fichiers binaires
  • Programmation orientée objet
    • Modélisation objet
    • Paquetages et modules
    • Programmer en Perl objet
  • Programmation Web
    • Qu'est-ce que le Web et comment ça marche ?
    • CGI
    • Perl et CGI
    • Module CGI
  • Programmation avancée
    • DBI
    • XML
    • Programmation système

 
Critique du livre par la rédaction Fabien Celaia le 1er novembre 2008 

Ouvrage aisé à appréhender et vite lu (400 pages... bien aérées...) pour un débutant en Perl ayant déjà la maîtrise d'un autre langage de programmation. Ce livre est à considérer plus comme un outil d'immersion que comme une référence.

Les sujets traités montent en difficulté assez rapidement. Certaines parties de concepts de base pourront sembler à certain superflues et hors sujet (principes de la POO, concepts de CGI, feuilles de style)... ils auront au moins comme intérêt de rappeler des notions de base aux lecteurs qui auraient quelques lacunes.

J'ai apprécié le fait que la quasi totalité des sujets sont traités (cf table des matières ci-jointe)... Mon premier script Perl+CGI piloté via navigateur Web a vu le jour après moins de 2 heures de lecture/exercices.

Je regrette cependant

  • le nombre important d'erreurs dans les exercices, faisant plus perdre de temps en débugage... ceci dit, c'est une façon comme une autre d'assimiler de la matière... mais ceci pourrait être moins pénible...
  • le manque de matière sur certains sujets qui mériteraient approfondissement (comment se passe dans le détail l'installation DBI sur un environnement Linux/Unix ? Quel utilisateur exécute les programmes CGI ? Avec quelles variables d'environnement ?)
  • un glossaire des plus ténus et quasi inutilisable
 

Voir également :
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